Garant de la continuité de l’Institution, il définit les principales orientations de l’Enseignement catholique français et s’assure de leur mise en oeuvre tout en tenant compte de l’initiative des établissements. Reconnu par la Conférence des Évêques, il représente l’Enseignement catholique auprès des Pouvoirs Publics et des Instances Religieuses. Le Président de la CEMSU en est membre de droit. Le CNEC se prononce sur toutes les questions touchant à la vie de l’Enseignement Catholique. Les représentants de toutes les composantes de l’Enseignement catholique siègent au Comité National, qui se réunit au moins deux fois par an.

Une Commission Permanente

Une Commission Permanente assiste le Secrétaire Général, Monsieur Eric de Labarre, pour l’exécution des décisions, dans toutes les affaires que celui-ci lui soumet ou dont l’étude est mise à l’ordre du jour par un ou plusieurs de ses membres. Cette Commission Permanente représente le Comité National auprès du Secrétaire Général. Elle est élue par le Comité National. 

Un Secrétaire Général

Le Secrétaire Général de l’Enseignement catholique est nommé par la Conférence des Évêques. Il est assisté d’un ou plusieurs Secrétaires Généraux - Adjoints.

Sa mission est d’ordre administratif, pédagogique et pastoral. Il doit promouvoir la politique de l’Enseignement Catholique définie par la CEMSU  et le CNEC.

Des Commissions

Des Commissions placées auprès de la Commission Permanente et du Secrétariat Général donnent leur avis sur :

• La pédagogie

• la Pastorale et la Catéchèse

• le Tiers - Monde

• le Droit et les Finances

• l’Aide à l’Insertion scolaire